洁净手术部以手术室为中心，与其他辅助用房有机地结合在一起(包括设备用房)，构成一个相对独立的医疗区。手术室对环境要求十分严格，因此，手术部位置的选取应尽量满足以下条件：
1、手术部在建筑平面中的位置，应自成一区域或独占一层，以防止其他部门人流、物流的干扰，并有利于保持手术部的环境质量。
2、手术部与一些相关部门联系密切，为了提高医疗质量与医疗效率，应使手术部与相关部门保持便捷的通道联系。
3、医院手术部的布置，首先应选择设于医院裙房的最高层，并在此前提下，应尽量设在有设备层的下一层，而不宜设在底层，以避免干扰。
4、应与监护病房、恢复室等相邻。
5、手术中，病人随时都需输血，因此手术部需与血库靠近。
6、因手术常需要作病理切片，因此手术部应与病理科相邻。
7、手术部应与中心供应室靠近。
8、手术部距外科病房越近越好，这也是由于外科病人手术治疗的比例大于其他科室。
9、手术部应尽量邻近急诊科室，以便随时接诊抢救应急手术病人。
手术室的数量是按床位计算的，综合医院为每50床设置一个手术室(含石膏手术床)，其计算方法可按下式计算：
L=B*365/T*1/W*1/N
L-手术室数量
B-医院中各科室病人需要手术的总床数
T-平均住院日(天数)
W-手术部全年工作日
N-平均每个手术室每日进行手术次数
医院也可根据实际使用经验确定，但不少于2间。
根据各级医院功能的界定，中型综合医院手术室净化级别应在Ⅱ级以下(含Ⅱ级)，小型综合医院手术室净化级别应在Ⅲ以下(含Ⅲ级)，而根据我们的经验，中、小型医院由于资金等问题，一般只设置Ⅲ级和Ⅳ级洁净手术室，从实际使用中观察，其也可满足医院的使用要求。手术部内，人、物的活动搬移频繁，包括医护人员、病员、洁净物品以及术后污染物品，如果手术部平面布局设计不合理，就会增加手术失败的几率或者降低手术室使用效率因此，手术部的平面设计要求各类人、物进出线路清晰、简短，防止交叉感染，不同洁净级别区域分区明确。
《规范》里明确指出：“洁净手术部的内部平面和通道形式应符合便于疏散、功能流程短捷和洁污分明的原则”，并建议医院根据具体平面，合理选用单通道、双通道和多通道等多种形式，其原则是：
1、单通道布置应具备污物可就地消毒和包装的条件。
2、多通道布置应具备人和物均可分流的条件。
3、洁、污双通道布置可不受上述条件限制。
4、中间通道宜为洁净走廊，外廊宜为清洁走廊。
医护人员(经过沐浴、更衣后)、病员(经过换床)及洁净物品可以公用一条洁净走廊。手术后的污染物品是最大的污染源，最容易引起感染，因此，术后污染物应就地处理后从最短的、单独的路线运出，以便缩小污染范围，使污染不扩散。所以在空间允许的情况下，建议采用洁、污双通道的布置形式，现时大部分医院也均采用这种模式。
除了洁净环境和布局，净化空调系统也是洁净手术部至为紧要的组成部分。手术的成败很大部分取决于感染的控制，感染主要有两条途径：接触途径的交叉感染和空气途径的感染。净化空调系统是现时控制空气途径感染的最有效办法。要创造一个理想的无菌手术环境，须采取以下措施：
1、通过空气过滤将送风空气中所有微生物粒子清除掉。
2、使用气流技术使室内无菌无尘。
3、采用气压控制，实现整个手术部有序的压力梯度分布。
4、以合适的温湿度调节抑制细菌繁殖，降低人体发菌量。
5、排除室内有害气体与气味，保持室内良好的空气品质。
实际应用中不可能完全做到以上五点，所以《规范》根据不同的使用要求将手术室净化级别分为四级。可以采用不同的空调系统实现无菌化，在大型综合医院里，通常采用集中式空调系统，这种方式在提供温度、湿度、净化空气、去除臭味等各方面都可以达到满意效果，而且维护、控制也很方便，是一种比较理想的空气处理方式，但初期投资也高出其他方式。《规范》也考虑到医院的资金情况，所以允许Ⅳ级洁净手术室和Ⅲ级、Ⅳ级洁净辅助用房配备带亚高效的洁净型风机盘管或室内立柜式净化空气处理机组。但是由于技术问题，现在市场上可供选择的洁净型风机盘管或室内立柜式净化空气处理机组并不多，而且噪音很难达到《规范》要求。由于洁净手术室对细菌、温度、湿度、噪音以及正压等控制要求很严格，手术室不推荐使用洁净型风机盘管或室内立柜式净化空气处理机组，而采用较理想的集中式空气处理机组，保证手术室的使用效果。辅助用房空调系统可以考虑采用洁净型风机盘管，不过要小心处理噪音问题，适当地增加消音设备。
由于洁净手术部建设初期投资很高，合理地选取手术室净化级别和空调系统是洁净手术部建设首要的考虑，手术室净化级别提高一级，其初期投资和运行费用也会相应地提高许多;同样，不同的空调系统也会有很大区别，因此，医院应根据各自的实际情况制定洁净手术部建设的标准，而不是盲目地追求高级别、大规模。